Сергей Пускепалис родился 15 апреля 1966 года в городе Курск- отец — литовец, мать — болгарка.

Сергей Пускепалис учился в Саратове, в Саратовском театральном училище (курс Ю. П. Киселёва), затем прошёл срочную службу на военно-морском флоте, работал актёром в Саратовском ТЮЗе, учился у Петра Фоменко в РАТИ, выпустился в 2001 году.

После выпуска из РАТИ поставил в Москве пьесу «Двадцать семь» А. Слаповского и этот спектакль участвовал в одном из фестивалей «Балтийский дом». Затем поставил спектакль по пьесам А. Слаповского «От красной крысы до зелёной звезды» в омском «Пятом театре». Пускепалис и А. Слаповский — постоянные соавторы, Сергей Пускепалис неоднократно ставил спектакли по его пьесам.

Работал режиссёром в Самарском театре «Понедельник».

С мая 2003 года по 2007 год Сергей Пускепалис — главный режиссёр Магнитогорского театра драмы им. А. С. Пушкина. С июня 2009 года по февраль 2010 года — главный режиссёр Российского государственного академического театра драмы имени Фёдора Волкова (Ярославль). Для постановок спектаклей приглашается самыми известными драматическими театрами России. Семья Сергея Пускепалиса живёт в Железноводске.

В кино снимается с 2003 года. Первая роль была эпизодическая. С кинорежиссёром Алексеем Попогребским познакомился на съёмках фильма «Коктебель», в котором снимался сын Сергея Пускепалиса — Глеб. Позднее Попогребский пригласил Сергея на главные роли в фильмах «Простые вещи» и «Как я провёл этим летом».

В Магнитогорске вёл курс на театральном факультете Магнитогорской консерватории

Все фильмы с участием Сергей Пускепалис:

17. Дети трущоб (2013)

16. Некуда спешить (2012) ... инспектор (новелла «Конец дежурства»)

15. Метро (2012) ... Андрей Гарин

14. Развод (сериал, 2012) ... Михаил

13. Жизнь и судьба (сериал, 2012) ... Греков

12. Написано Сергеем Довлатовым (2012) ... голос за кадром, озвучка

11. Мой парень – ангел (2011) ... папа Александры

10. Защита свидетелей (сериал, 2011)

9. Сибирь. Монамур (2011) ... подполковник

8. И не было лучше брата (2010) ... Jalil

7. Попытка Веры (ТВ, 2010) ... Сергей Николаев

6. Как я провёл этим летом (2010) ... Сергей

5. Аптекарь (сериал, 2009) ... Стрельцов

4. Скоро весна (2009)

3. Собачья дверца (2007) ... озвучка

2. Простые вещи (2007) ... Сергей Маслов

1. Прогулка (2003)